O atual Programa de Pós-Graduação em Medicina Veterinária (Clínica e Reprodução Animal) foi criado em 1973 com o nome de Pós-Graduação em Cirurgia Veterinária e contava, inicialmente, apenas contava com o mestrado. Em 1994, com o aval da CAPES, passou a se chamar Curso de Mestrado em Medicina Veterinária (Cirurgia e Clínica Veterinária), tendo como proposta a qualificação para desempenho do Magistério Superior e para o desenvolvimento de pesquisas através de estudos regulares, teóricos e práticos, atendo as áreas não somente da Cirurgia, bem como a área de Clínica Médica.
Nove anos depois, em 2005, com o objetivo de atender às necessidades do mercado de trabalho na região e por aconselhamento do comitê da CAPES, o curso incorporou a linha de pesquisa de Reprodução Animal e Biotecnologia, originária do extinto Curso de Ciências Veterinárias da Faculdade de Veterinária da UFF, sendo neste momento criado o curso de doutorado. À época, no Estado do Rio de Janeiro, nenhuma outra Universidade contemplava um programa de Pós-Graduação Stricto Sensu (mestrado e doutorado) nas áreas de concentração especificamente voltadas para Clínica e Reprodução Animal.
Após a aprovação da CAPES, a partir de 2006 o curso passou a ser denominado como Programa de Pós-Graduação (Mestrado e Doutorado) em Medicina Veterinária (Clínica e Reprodução Animal). Atualmente o curso possui Conceito 5 na área de Veterinária da Capes.
O Mestrado em Medicina Veterinária (Clínica e Reprodução Animal) tem o objetivo de formar docentes para o ensino superior na área de Medicina Veterinária e de profissionais especializados com aprofundamento do conhecimento nas linhas de pesquisa do Programa, além do aprendizado teórico e prático do método científico por meio do desenvolvimento do trabalho final (Dissertação). Neste contexto, o Mestrado qualifica o aluno para a vida universitária e para o compromisso com o ensino, a pesquisa e a extensão, além de prepará-lo para a próxima etapa de sua formação acadêmica – o Doutorado – familiarizando o estudante com os métodos e as técnicas utilizados no trabalho científico; contribuindo, assim, para o aperfeiçoamento de suas atividades profissionais. O Doutorado em Medicina Veterinária (Clínica e Reprodução Animal) tem como objetivo formar pesquisadores de alto nível, capazes de atender à expansão qualitativa do ensino universitário. Nesta etapa, o estudante tem a oportunidade de desenvolver seus conhecimentos dentro das linhas de pesquisa do Programa e de aproveitar a interdisciplinaridade proporcionada por uma estrutura curricular com integração das áreas de Medicina Veterinária. O desenvolvimento de trabalhos específicos, a dedicação e o aprofundamento no estudo do tema escolhido para o trabalho final (Tese) são priorizados no Doutorado.