O Prêmio CAPES de Tese reconhece os melhores trabalhos de conclusão de doutorado defendidos em Programas de Pós-Graduação brasileiros de acordo com os seguintes critérios: originalidade do trabalho, relevância para o desenvolvimento científico, tecnológico, cultural, social e de inovação e o valor agregado pelo sistema educacional ao candidato.
Criado em 2005 e entregue pela primeira vez em 2006, ele abrange todas as áreas de conhecimento que têm um representante na avaliação da Pós-Graduação Stricto sensu. Um dos objetivos da iniciativa é aumentar a visibilidade das ações positivas e indutoras da CAPES na Pós-Graduação brasileira.
No ano de 2021, o Programa de Pós-Graduação em Medicina Veterinária (Clínica e Reprodução Animal) recebeu menção honrosa de um trabalho defendido. A tese intitulada “Eficiência técnica, qualidade embrionária, proteômica e bem-estar animal associados à coleta de embriões por via transcervical em ovelhas” (https://app.uff.br/riuff/handle/1/36392) foi defendida pela discente Juliana Dantas Rodrigues dos Santos, orientada pelo Prof. Dr. Felipe Zandonadi Brandão e coorientada pelo Dr. Jeferson Ferreira da Fonseca, Pesquisador da Embrapa Caprinos e Ovinos.